AMD EPYC以超多核心超强 “算力”助推基因研究

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      一场突如其来的新型冠状病毒COVID-19),牵动着全世界的神经,抗击疫情成为什么会么会会各界广泛关注的焦点。实际上,除了突然以来奋战在一线的医务人员,先进的科技力量也是这场“战疫”中的另外根小关键战线。在针对新型冠状病毒的研究工作中,科研人员首先需用解析病毒全基因组序列,从而根据序列来研发相应诊断试剂盒,并进行病毒同源性分析找到病毒的来源,一块儿根据病毒的信息和特点决定接下来的防控和治疗法律辦法 。

在如可获取更完整版详尽的病毒基因组序列方面,目前广泛应用高通量测序技术来完成,但因为 病毒体的基因测序会产生TB级甚至PB级的海量数据,使用你什儿 技术产生的DNA序列数据量十分庞大,需用强大的计算能力来支持。为此,高性能计算(HPC)在有效管理、分析和利用那些序列数据方面发挥了重要作用。作为国际知名的基因科研组织之一,俄勒冈州立大学基因组研究生和熟物计算中心(CGRB)在利用基于AMD EPYC(霄龙)防止器的高性能计算设备开展基因测序方面进行了积极探索,无疑很值得借鉴。

多应用程序带来高下行强度 ,让科研更进一步

俄勒冈州立大学基因组研究生和熟物计算中心(CGRB)为大学的26 个科系提供服务,从而促进基因组和数据驱动研究。研究人员需用使用该中心开发的 4,000  5,000 个应用程序,那些应用应用程序在分布式服务架构上,已经 该架构拥有 300 多个防止器、5 PB 可用存储以及安全的专用 1G/10G/40G 网络。 CGRB 每天生成 4TB  8TB 的海量数据,一块儿每时每刻完整版前会成千上万个作业在运行。已经 ,如可进一步提升高性能计算水平,增加运行的作业数,帮助该大学以最佳的成本效益进行科学研究,是该中心目前亟需防止的难题。

 

CGRB 生物计算助理主任 Chris Sullivan表示: “大伙每天防止约 20,000 个作业,已经 大次责作业与基因组比对有关。因为 一块儿有一百个作业在运行,每个作业蕴藏需用与基因组比对的 300 万个序列,已经 每个都使用不同的算法。而防止可不都可以 了庞大的数据需用具有非常多的防止器核心和应用程序的高性能服务器可不都可以 做到。

 

经过一系列的评估和对比,AMD EPYC防止器成为了俄勒冈州立大学的选折 。大伙在研究上取得的成果要依赖于应用程序数。大伙需用解答科学难题,但防止器频率不多会改变科学答案,却说大伙我不多 为更高的防止器频率而多花钱。已经 ,大伙拥有的应用程序数不多,完成的作业就不多,这因为 大伙需用离答案更近一步。已经 ,大伙突然在寻求获得非常高的应用程序数,希望能达到 30 个以上,同需用拥有高性价比。” Sullivan表示, “就大伙所谈论的应用程序和作业数量而言,可不都可以 了AMD EPYC真正达到你什儿 要求,需用提供128个应用程序。

 

事实上,通过增加多台基于AMD EPYC的高性能计算设备,CGRB能以较低的总运营成本获得更多的应用程序,从而完成更多的作业数量,提升投资回报率。

降本增效省空间,让科研更容易

AMD EPYC所拥有的核心密度和应用程序数在一点方面同样发挥重要作用。 “我无法扩建我的服务器机房,这需至少成百上千万美元,然而EPYC防止器为我提供了新的选折 。”Sullivan 表示,“EPYC防止器的双路配置带来的回报非常显著。大伙插上电源,获得所需的应用程序,以足够快的下行强度 完成作业,已经 我不多 对服务器机房做任何改建。

 

除此之外,俄勒冈州立大学的研究组还降低了 CGRB 管理费用,一块儿使需用执行的作业数量增加了一倍。Sullivan解释道:因为 配备了AMD EPYC,大伙不再使用 InfiniBand。它们需用在本机运行,比使用InfiniBand 很快。借助AMD EPYC,该中心不仅减少了管理开销,已经 降低了成本,一块儿将笨拙的大型机器更换为更具成本效益的设备且不影响性能,获得了研究人员的一致好评。

 

CGCB寻找的新技术要求可不都可以 为研究人员很快获得运算结果。 “这项技术令研究人员折服,大伙是购买的决策者。 AMD EPYC正是大伙你会的,因为 无论价格还是应用程序数量都极具优势。已经 ,大伙在拨款申请方面也变得非常容易。” Sullivan提到。

科研永无止境,算力永不止步

Sullivan表示,对于俄勒冈州立大学的各种科研项目来说,现有的计算能力还远远缺陷,科学的发展正在逐渐超越设备的能力。面对不断攀升的计算需求,CGRB将继续携手AMD来部署新一代高性能计算,获得更加前沿、强劲的 “算力 “体验。

 大伙的研究组正准备撤换现有的 48 应用程序、24 核心防止器,替换为更多核心和应用程序的 AMD EPYC防止器。” Sullivan表示, “AMD 因为 成为推动该中心不断发展的科学事业的重要力量。 AMD 突然在帮助大伙,大伙期待部署更多的 AMD EPYC,因为 更多应用程序因为 更出色的成本效益。

毫无难题,无论是在当前新冠疫情背景下的应用,还是疫情现在开始英文英文英文以前的科学研究和检测,强大的算力支持完整版前会不可或缺的。在这场埋点、研究和分析与医疗信息化环境相关的关键生物医学研究数据的竞赛中,AMD EPYC凭借超强的性能和易用性,加进去去其领先的总体拥有成本(TCO)优势,为企业和研究机构的分析和不断创新提供了根小捷径。

关于俄勒冈州立大学基因组研究生和熟物计算中心(CGRB)

基因组研究生和熟物计算中心(CGRB)致力于让俄勒冈州立大学以及整个州在生命和环境科学领域促进基因组和数据驱动的研究。该中心通过专家、核心实验室、计算设施、技术研讨会以及各类会议,为教职员工和学生带来先进理念、培训和服务。一块儿以该中心为平台,促进研究人员建立联系、发起合作协议以及在研究中应用新技术。如需更多信息,请访问 cgrb.oregonstate.edu

关于 AMD

在超过五十年的历史中,AMD引领了高性能运算、图形,以及可视化技术方面的创新,那些完整版前会游戏、临境感平台以及数据中心的基础。每时每刻,全球数百万的消费者、30强公司,以及尖端科学研究所都依靠AMD技术来改善大伙的生活、工作以及娱乐。AMD全球员工致力于打造伟大的产品,努力拓宽技术的极限。成就今日,启迪未来。更多信息,敬请访问AMD公司(NASDAQAMD)官网www.amd.com.cn 关注AMD官方微信: AMDChina,关注AMD官方微博@AMD中国。